Tel Christophe Colomb à la découverte de l’Amérique, les bactéries colonisent les cavités du corps humain : la peau, le système digestif, la bouche, le vagin et les yeux. Cette colonisation de l’intestin débute dès la première gorgée de liquide amniotique d’un bébé dans l’utérus de sa mère. L’établissement des bactéries au sein du système digestif marque le début d’une relation mutuelle entre l’être humain et la bactérie, où les deux parties en bénéficient. Toutefois, leur présence peut également mener à des conséquences négatives sur la santé de l’être humain.

Une réserve écologique dans l’intestin

Les bactéries intestinales composent avec d’autres microorganismes la microflore, aussi appelée le microbiote. Cette microflore présente un total d’un trillion de microorganismes. Cela correspond à un ratio approximatif d’une cellule humaine pour une cellule bactérienne. La composition du microbiote dépend des habitudes de vie et de la venue au monde du nourrisson. En effet, une naissance par voie naturelle met l’enfant en contact avec le microbiote vaginal tandis qu’une naissance par césarienne engendre un contact avec le microbiote de la peau. Ces deux microbiotes entrainent alors une colonisation de l’intestin par des espèces bactériennes différentes. La première année de vie de l’être humain correspond à une étape de grand changement pour la microflore intestinale, due à une diète changeante. Vers l’âge de trois ans, les espèces bactériennes y étant présentes se stabilisent. Sans facteurs externes perturbant la microflore, la composition bactérienne sera à peu près la même jusqu’à l’âge d’or. L’écologie de l’intestin dépend principalement de l’âge, du sexe, de l’allaitement, de la localisation géographique, de la médication et du niveau de stress. Ainsi, deux personnes en santé peuvent avoir deux microbiotes totalement différents.

Les bactéries : protéger et servir

Le microbiote, parfois nommé « l’organe invisible », reçoit depuis une quinzaine d’années une attention accrue qui a permis de mettre en lumière plusieurs de ses importants rôles. D’abord, la microflore protège l’organisme contre d’autres envahisseurs bactériens. De plus, les bactéries se trouvant dans l’intestin ont élu domicile à un endroit de choix, considérant qu’elles ont à leur disposition tout ce que leur hôte ingère. En ce sens, l’hôte et les bactéries mangent à la même table. Ainsi, elles participent au métabolisme de l’être humain en contribuant à la sensation de satiété. Certaines bactéries peuvent même fournir à son hôte de l’énergie ou lui léguer d’importantes protéines à leur mort. L’énergie et les protéines ainsi obtenues peuvent être utilisées par l’organisme pour contribuer à son fonctionnement. Grâce à la machinerie étant à leur disposition, les bactéries permettent de digérer certaines composantes telles que les fibres alimentaires que l’être humain ne pourrait assimiler seul. Elles ont également la capacité de communiquer de manière bidirectionnelle avec le cerveau. En ce sens, certaines bactéries sont capables de produire des molécules appelées neurotransmetteurs comme la dopamine ou la sérotonine, toutes deux importantes dans la régulation de l’humeur.

Le revers de la médaille de l’interaction hôte-microbiote

Comme le concept du bien et du mal, les effets bénéfiques des bactéries ne peuvent exister sans ceux étant néfastes. En ce sens, l’intestin sécrète une couche de mucus afin de limiter les contacts avec ces microorganismes. La présence de cette barrière physique au niveau de l’intestin témoigne de la nécessité de protéger l’organisme des bactéries malgré leur relation mutuelle. Cependant, cette barrière n’est parfois pas suffisante. Une perturbation du microbiote marquée par une diminution de la diversité bactérienne peut affecter l’équilibre précaire entre les effets positifs et ceux étant négatifs découlant de cette relation mutuelle. La prise d’antibiotiques peut causer ce genre d’instabilité. En effet, les antibiotiques ont pour but de combattre des bactéries nuisibles en empêchant leur multiplication ou en les détruisant. Par leur action à large spectre, une majorité d’antibiotiques peuvent nuire à la diversité du microbiote en s’attaquant autant aux bactéries nuisibles qu’à celles de la microflore. Malgré une optimisation des doses thérapeutiques, les effets néfastes des antibiotiques sur la microflore persistent allant jusqu’à causer des infections bactériennes. Cette médication peut donc permettre à certaines bactéries nuisibles de prendre le dessus. Par exemple, le pathogène opportuniste Clostridium Difficile,ou C. Difficile, est la première cause de la diarrhée d’origine infectieuse dans les hôpitaux. D’autres facteurs peuvent contribuer à un déséquilibre de la microflore, comme l’âge. En effet, le vieillissement a un impact sur la fonction salivaire, la digestion et le transit intestinal. Une modification de ces fonctions pourrait affecter de manière négative le microbiote. Cependant, les mécanismes précis par lesquels le vieillissement affecte la microflore restent encore à découvrir. Par ailleurs, une altération du microbiote a pu être observée chez des patients souffrant de maladies psychiatriques comme la schizophrénie ou les troubles de l’humeur, de même que chez ceux souffrant de maladies neurodégénératives comme l’Alzheimer ou le Parkinson.

Un cocktail de bactéries pour la santé mentale

La découverte d’une altération du microbiote chez des individus souffrant de certaines maladies mentales a ouvert une nouvelle avenue à la recherche, soit de cibler le microbiote en tant qu’outil thérapeutique. L’utilisation de probiotiques en est un exemple. Les probiotiques peuvent contenir différents cocktails de bactéries vivantes qui peuvent contribuer à l’équilibre du microbiote. Pour l’instant, la plupart des études ont été réalisées sur des modèles animaux. Cependant, certaines études cliniques montrent des résultats encourageants. Dans le cas de la dépression clinique, une combinaison d’antidépresseurs et de probiotiques pourrait soulager les symptômes émotionnels de certains patients. L’utilisation de probiotiques chez des sujets en bonne santé mentale a également été testée pour en voir l’effet sur le stress et l’anxiété. Une diminution de ces symptômes a été observée chez les participants prenant les probiotiques. Cependant, il est nécessaire de réaliser ces études cliniques sur un plus grand nombre de participants pour afin d’en conclure un effet véritable.

Les interactions qui existent entre l’être humain et les bactéries sont d’une extrême complexité et leur importance est indéniable. La possibilité de considérer le microbiote dans le traitement pour des maladies neurodégénératives ou des troubles de l’humeur effleure l’esprit de plusieurs scientifiques. La solution réside-t-elle dans la composition bactérienne du microbiote? Seul l’avenir le dira!